査証（ビザ）の手続きは、入国のために行うもので、一方、在留資格許可申請は日本に滞在するために行うものになります。
ビザ（査証）: 外国に入国するために必要な許可書類で、日本では外務大臣が発行します。入国前に取得するものです。「査証」とも呼ばれます。
在留許可: 日本に入国後、一定期間滞在するための許可で、法務大臣が審査して発行します。短期滞在者には必要ありませんが、中長期在留者には在留カードが発行されます。なお、特別永住者には、入管特例法に基づき特別永住者証明書が交付されます。
査証（ビザ）手続きと在留資格等の手続きの関係について、外務省のウェブサイトでは以下のような図で説明されています。
【出典：外務省ウェブサイトより】
つまり、法務省（入管庁）が在留資格認定証明書を交付することで、申請人が日本に在留する資格があることを証明するお墨付きを得ることになり、これを外務省におけるビザ申請の際に提示（提出）することにより、ビザの発給の際の審査時間が短縮されることが期待できるということになります。尚、この在留資格認定証明書は、入管当局からメールにより交付することができることから、海外にいる申請人にとっては郵送などの煩わさもなく提示できるということになります。以下は、在留資格認定証明書の内容を示した入管法第７条の二の条文です。その下が、同条で示されている条件に適合している旨の内訳を示す第七条第一項第二号の条文になります。
（在留資格認定証明書）
入管法第７条の二 抜粋
第七条の二 法務大臣は、法務省令で定めるところにより、本邦に上陸しようとする外国人（本邦において別表第一の三の表の短期滞在の項の下欄に掲げる活動を行おうとする者を除く。）から、あらかじめ申請があつたときは、当該外国人が前条第一項第二号に掲げる条件に適合している旨の証明書（以下「在留資格認定証明書」という。）を交付することができる。
二 申請に係る本邦において行おうとする活動が虚偽のものでなく、別表第一の下欄に掲げる活動（二の表の高度専門職の項の下欄第2号に掲げる活動を除き、五の表の下欄に掲げる活動については、法務大臣があらかじめ告示をもつて定める活動に限る。）又は別表第二の下欄に掲げる身分若しくは地位（永住者の項の下欄に掲げる地位を除き、定住者の項の下欄に掲げる地位については、法務大臣があらかじめ告示をもつて定めるものに限る。）を有する者としての活動のいずれかに該当し、かつ、別表第一の二の表及び四の表の下欄に掲げる活動を行おうとする者については我が国の産業及び国民生活に与える影響その他の事情を勘案して法務省令で定める基準に適合すること（別表第一の二の表の特定技能の項の下欄第1号に掲げる活動を行おうとする外国人については、一号特定技能外国人支援計画が第2条の5第6項及び第7項の規定に適合するものであることを含む。）。
入管法第７条第一項第二号 抜粋
入管法第七条第二項においては、「別表第一の二の表の高度専門職の項の下欄第1号イからハまで又は同表の特定技能の項の下欄第1号若しくは第2号に掲げる活動を行おうとする外国人は、前項第2号に掲げる条件に適合していることの立証については、次条第1項に規定する在留資格認定証明書をもつてしなければならない。」と規定されているので、この在留資格を持って入国する場合には、その立証を在留資格認定証明書にてしなければならないという点には留意が必要です。つまり、必ず必要ということで任意ではないということになります。
