入管のホームページによれば、入国・在留手続きの流れは以下のように説明されています。
在留資格認定証明書（地方入管で）
受入機関等（又は外国人本人）が在留資格認定証明書交付申請を行い、在留資格認定証明書の交付を受ける。
「短期滞在」及び「永住者」を除く。
査証（ビザ） （在外公館で）
外国人本人が査証（ビザ）申請を行い、ビザの発給を受ける。
※査証免除措置による入国を除く。
上陸許可 （空海港のある地方入管で）
到着した空海港において、入国審査官による上陸審査を受け上陸許可を受ける。
在留期間更新許可 （地方入管で）空海港を除く
在留期間を超えて日本に在留することを希望する場合は、在留期間更新許可申請を行い、許可を受ける。
在留資格変更許可 （地方入管で）空海港を除く
在留目的とする活動を変更して別の在留資格に該当する活動を行おうとする場合は、在留資格変更許可申請を行い、許可を受ける。
※ここで、あらかじめ在留資格認定証明書を準備せずに上陸が可能かどうかという点が疑問として生じます。入国審査官との面談で審査官が認めるかどうかの判断をすることになりますが、例えば、さまざまな書類や証明書等を提示するような場合も考えられますが、特別な事情がない限り一般的には在留資格認定証明書なしで上陸許可を受けるのには時間がかかったり、難しくなる場合が多いということになります。
